Alma in Sillico met au point le Flickr des chercheurs en sciences du vivant

Voici quelques années, le portail américain Yahoo rachetait le site internet Flickr. Le service permettait et permet encore à tout internaute de charger sur un site web les photos qu’ils possèdent, qu’elles soient personnelles ou professionnelles,…

Pourquoi offrir à la planète web, voire à un petit groupe d’internautes pré-identifiées, ses plus beaux clichés de levé de soleil ? Les images de communion de ses enfants ? La photo d’une récente conférence ?

Pour les partager plus facilement avec d’autres, tout simplement.

Aujourd’hui, la réponse semble évidente…

Une boîte aux lettres centralisée fait gagner en productivité

Flickr a facilité la vie de millions d’utilisateurs.

En mettant en ligne ses photos en un même lieu virtuel, les personnes intéressées peuvent désormais se servir selon leur bon vouloir. L’auteur ne doit plus s’astreindre à envoyer les fichiers numériques un à un vers des destinataires… En n’omettant personne. Le risque, sinon, est de devoir recommencer la manoeuvre pour chaque demande individuelle.

Flickr ou Picasa comptent désormais de nombreux cousins. Des sites de partage en ligne sont apparus pour la vidéo (Youtube, Dailymotion, Vimeo…), les présentations Powerpoint/Keynote (Slideshare), les documents rédigés (Scribd…).

En 2011, il n’y a pas de raison que les scientifiques ne disposent, également, de leur propre plate-forme de partage de fichiers.

Alma in Sillico : un Flickr pour les chercheurs en sciences du vivant

Le projet Alma in Silico, cornaqué par Xavier Tordoir, s’inscrit dans la lignée des exemples précédents.

Soutenu par des fonds européens Interreg, le projet développé dans les locaux de l’Université de Liège vise à offrir une plate-forme de partage de fichiers identique aux chercheurs actifs dans le domaine des sciences du vivant.

Le besoin s’en est fait sentir.

En dix ans, la recherche en médecine ou dans les biotechnologies s’est fortement complexifiée. Fini les études génétiques isolées où les chercheurs, sur base de séries statistiques, établissaient jadis de simples tables de probabilité de contracter telle ou telle maladie.

Depuis, les analyses sont plus approfondies, induisant  une complexification des protocoles et des processus de recherche.

« Les chercheurs veulent à présent comprendre réellement les processus bio-chimiques qui se produisent dans le corps, explique Xavier Tordoir. Pour ce faire, ils doivent élargir le champ des disciplines qui interviennent dans le cadre de leurs recherches. Outre la génétique, on retrouve ainsi de la protéomique (étude des protéines), de l’imagerie médicale, des sciences du comportement… »

Gérer de plus en plus de fichiers de données très lourds, dans des formats différents

Cette complexité accrue de la recherche dans les sciences du vivant provoque une augmentation très substantielle des volumes d’informations à traiter, ainsi que de leur diversité.

« Les chercheurs se retrouvent aujourd’hui à devoir manipuler des fichiers de plus en plus gros, pesant souvent plusieurs dizaines de gigaoctets, poursuit Xavier Tordoir. Or, leurs infrastructures informatiques n’évoluent pas toujours au même rythme. Ainsi, il n’est pas rare que des données d’imagerie ou d’analyse protéomique sur des populations de plusieurs milliers de sujets soient stockées sur l’ordinateur d’une seule personne dans un laboratoire. Les autres chercheurs doivent alors venir un à un, avec leurs propre disque dur, transférer les informations pendant de longues heures… »

Au total, les chercheurs peuvent passer jusqu’à 20% de leur temps à manipuler, convertir ou transférer des fichiers de données de toutes natures résultants d’expériences multiples.

La plate-forme de partage Alma in Silico ambitionne dès lors d’apporter d’importants gains de productivité aux chercheurs ainsi qu’un nouveau confort sur ce plan.

L’outil devrait aussi permettre de standardiser davantage les formats afin de faciliter leur consultation et le croisement des données qu’ils contiennent.

« Et nous entendons par ailleurs greffer des outils et des services d’analyse de ces données provenant de tant de sources différentes », ajoute Xavier Tordoir.

Putting science in the cloud

L’approche Alma in Silico consacre la montée en force du Cloud Computing (informatique partagée) dans le domaine de la recherche scientifique, et en particulier dans celui de des sciences du vivant.

Certes, depuis plusieurs années, les fermes de serveurs et les nuages d’ordinateurs en réseau augmentent la puissance de calcul à disposition des chercheurs pour analyser les milliards de données extraites de centaine de programmes de recherche.

Désormais, le cloud computing pourra aussi les assister dans le traitement de l’information.

Ainsi, en stockant leurs informations sur le web (moyennant toutes les précautions nécessaires en termes de sécurité et de protection), les scientifiques et chercheurs de globe pourront initier de nouvelles formes souples de collaboration.

Un prochain service commercial (spinoff ?)

Pour Alma in Silico, l’étape suivante sera, au terme de la durée prévue de la recherche académique, dans un an, de mettre sur pied un service commercial, sans doute sous la forme d’une spinoff.

Xavier Tordoir et son équipe entendent également adapter les algorithmes développés dans le cadre de Alma in Silico pour les étendre à d’autres champs d’analyse.