Socotra est considérée comme un exemple remarquable de biodiversité. Du fait du long isolement géologique de l'île, conjugué à la forte chaleur et sécheresse ont créé une spectaculaire flore endémique (mais qui est vulnérable aux espèces animales introduites telles que les chèvres, et aux changements climatiques). Des enquêtes ont révélé que plus d'un tiers des 800 et quelques espèces de plantes de Socotra ne se trouvent nulle part ailleurs. Les botanistes rangent la flore de Socotra parmi les dix flores îliennes les plus en danger dans le monde.
La formation végétale la plus étonnante de l'île est située sur les escarpements au pied des montagnes. La végétation y est dominée visuellement par Dendrosicyos socotrana, l'arbre concombre, une sous-espèce particulière de rose du désert, Adenium obesum subsp. socotranum et Euphorbia arbuscula. Plus haut dans les montagnes, domine le dragonnier de Socotra ou arbre au sang du dragon (Dracaena cinnabari), avec une forme de parapluie. Sa résine est utilisée comme colorant, le sang-dragon, depuis l'Antiquité. On y trouve également Dorstenia gigas, une Moraceae pachycaule.
Socotra est inscrite sur la liste du patrimoine mondial de l'Unesco au sein de l'archipel de Socotra depuis 2008 et est considérée comme un point chaud de biodiversité par l'association Conservation International avec le reste la Corne africaine.
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