Des chercheurs de l’Université technique du Danemark découvrent de nouveaux micro-organismes présents dans nos intestins, 500 au total, qu’ils cartographient grâce à une nouvelle technique d’analyse des données de séquence d’ADN. 800 virus bactériophages, également inconnus jusque-là, qui attaquent les bactéries intestinales sont également identifiés. Ces travaux, présentés dans la revue Nature Biotechnology, vont permettre d’améliorer la compréhension et le traitement d’un grand nombre de maladies comme le diabète de type 2, l’asthme ou l’obésité.
Le principe de co-abondance : Pour cartographier ces micro-organismes, les chercheurs ont mis au point une nouvelle méthode d’analyse des données de séquence d’ADN, appelée the « co-abundance principle » ou principe de co-abondance. Un principe qui suppose que les différents fragments d’ADN d’un même organisme se produiront dans la même proportion dans un échantillon, et que cette proportion peut varier sur une série d’échantillons. La méthode permet, en fin de compte, d’identifier et de recueillir des génomes de microorganismes auparavant inconnus dans des communautés microbiennes très complexes, comme notre microbiote intestinal. Ici, les chercheurs ont travaillé sur de nouveaux échantillons du projet MetaHit (Visuel ci-contre), des échantillons de nouvelles cohortes et sur la base de nouveaux catalogues de gènes comportant un total de près de 10 millions de gènes.
Travailler sur les interactions virus-bactéries : Alors que jusqu’ici, 200 à 300 espèces bactériennes intestinales avaient été identifiées et documentées, ces travaux en doublent le nombre et surtout identifient des virus qui attaquent les bactéries et conditionnent la survie de certaines bactéries dans le microbiote. Alors que jusqu’ici, les bactéries avaient été étudiées individuellement en laboratoire, les Prs Søren Brunak et Henrik Bjørn Nielsen, co-auteurs de l’étude, ont étudié ici les relations entre les bactéries et les virus.
Supprimer ou ajouter des bactéries pour traiter : Et la connaissance de ces interactions va permettre de développer de manière plus des traitements pour un certain nombre de maladies, en étant en mesure d’ajouter ou supprimer des bactéries spécifiques du système intestinal et ainsi induire une flore intestinale saine –selon le même objectif qu’avec les probiotiques.
Vaincre la résistance aux antimicrobiens : Les chercheurs voient déjà l’utilisation de ces virus bactériophages comme une alternative viable aux antibiotiques. Leur objectif est donc, à partir d ces premiers travaux, d’identifier et de décrire un maximum de relations entre les bactéries et les virus qui les attaquent.
Source: Nature Biotechnology 06 July 2014 doi:10.1038/nbt.2942 An integrated catalog of reference genes in the human gut microbiome (Visuel MetaHit)
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