Ces virologues de l’Université de Yale, dans ce contexte d’émergence de nouvelles variantes du SARS-CoV-2, s’attachent à développer de nouvelles méthodes de détection précoce de virus potentiellement dangereux qui pourraient se propager en population générale. L’objectif est de les identifier bien avant le système mondial de surveillance. L’équipe explique dans le Lancet Microbe que tester la présence d’une seule molécule du système immunitaire à partir d’écouvillons nasaux peut permettre de détecter des virus « furtifs non identifiés ».
Les politiques et les Agences de Santé publique se reportent à certaines sources, limitées, pour détecter les signes avant-coureurs d’une maladie émergente. En surveillant les animaux susceptibles de transmettre l’infection à l’homme. Mais il reste complexe de déterminer laquelle des centaines ou des milliers de nouvelles variantes virales représente un véritable danger. De nombreuses épidémies respiratoires restent ainsi inexpliquées ou détectées tardivement. Et au moment où l’épidémie se produit, il est trop tard pour contenir sa propagation.
« Identifier un nouveau virus dangereux, c’est comme chercher une aiguille dans une botte de foin »,
écrit l’auteur principal, Ellen Foxman, professeur agrégé de médecine et d’immunobiologie : « Nous venons de trouver le moyen de réduire considérablement la taille de la botte de foin ».
L’étude repart d’une observation faite par la même équipe en 2017 : les écouvillons nasaux prélevés sur des patients suspects d’infections respiratoires sont testés pour détecter les signatures spécifiques de 10 à 15 virus connus. La plupart des tests reviennent négatifs. Cependant, dans quelques cas, les écouvillons de ceux qui ont été testés négatifs pour les virus suspects habituels présentent tout de même des signes d’activation des défenses antivirales
ce qui laisse supposer la présence d’un virus furtif non encore identifié.
Le signe révélateur ou marqueur consiste en un niveau élevé d’une seule protéine antivirale fabriquée par les cellules qui tapissent les voies nasales. Sur la base de cette découverte, les chercheurs ont appliqué des méthodes de séquençage génétique complètes à d’anciens échantillons contenant la protéine et, dans un échantillon, ont trouvé un virus grippal inattendu, appelé grippe C. L’analyse d’autres ensembles d’échantillons par écouvillon testés pour ce biomarqueur du système immunitaire permet ainsi d’identifier 4 autres cas de COVID-19 non diagnostiqués à l’époque.
Ainsi, le test d’une protéine antivirale fabriquée par le corps, même si les tests pour les virus respiratoires connus sont négatifs, peut permettre d’identifier les prélèvements nasaux comportant des virus inattendus.
La détection de ce biomarqueur à l’aide d’écouvillons prélevés lors des soins de routine aux patients, pourrait donc permettre également de restreindre la recherche d’agents pathogènes furtifs. Les échantillons qui portent le biomarqueur peuvent être analysés à l’aide de méthodes de test génétique plus complexes pour identifier les agents pathogènes inattendus ou émergents circulants, ce qui peut permettre une réponse mieux coordonnée des systèmes de santé.
Source: The Lancet Microbe 3 Jan, 2023 DOI : DOI: 10.1016/S2666-5247(22)00296-8 Nasal host response-based screening for undiagnosed respiratory viruses: a pathogen surveillance and detection study
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