Rappelez-vous, dans le dernier épisode, Tikal, l'amie d'enfance de Shadow, était enlevée par les Dark Neo et que ces derniers avaient réussi à l'embrigader dans dans leur organisation.
Personne n'a plus revu Shadow depuis qu'il s'est lancé à la recherche de Tikal pour la sauver... Pendant ce temps, l'empereur de Neo s'est lui lancé dans la recherche de l'émeraude que les Dark Neo veulent utiliser à des fins malfaisantes.