Ils sont plus chers que les produits basiques car non seulement ils font valoir des propriétés spécifiques, mais leur mise au point nécessite un investissement financier considérable.
Vendue aux alentours de 3,05 €, la margarine anticholestérol vaut ainsi deux à trois fois plus cher que d’autres margarines. Quant au prix des yaourts, avec un peu de fer et de zinc, il passe de 0,14 € en moyenne à 0,21 € le pot.
Certaines associations de consommateurs ont reproché aux aliments fonctionnels d’être trop gras ou trop sucrés. Ce qui, selon le Pr Basdevant, n’est pas justifié : « C’est l’équilibre global de l’alimentation qui importe. On ne se nourrit en effet pas que d’un seul aliment. »