Four Months later – 2.01 (diffusé le 24.09.07)
De nouvelles menaces apparaissent ainsi que de nombreux nouveaux personnages hors du communs. En effet, alors que les destins de Peter, Nathan et Matt sont révélés, une nouvelle force maléfique semble poursuivre et tuer les Heroes, qui s'efforce de retrouver une vie normale après l'explosion de la bombe. Ainsi, la famille Bennet à déménagé au Sud de la Californie afin d'y vivre une vie plus discrète, mais n'y arrive pas vraiment... Pendant ce temps, Hiro atterit au Japon féodal et rencontre son héros Takezo Kensei. Les jumeaux Maya et Alejandro quant à eux essaient de passer la frontière de la République Dominicaine puis celle du Mexique afin de venir aux Etats-Unis et de trouver des réponses pour résoudre les problèmes que leur pose leur pouvoir.
Lizards – 2.02 (diffusé le 01.10.07)
Tandis que Matt enquête sur la mort d'un des Heroes, un autre est attaqué par une nouvelle force qui pourchasse les personnes hors du commun. Les efforts de Claire pour cacher ses capacités de régénération dans son nouveau lycée en Californie sont menacés par un autre étudiant qui a lui aussi un secret. Niki et Micah quittent Las Vegas pour tenter de recommencer une nouvelle vie. Son nouveau travail mène Mohinder à poursuivre l'Haïtien. De leur côté, tandis qu'ils traversent le Mexique, les dons de Maya et Alejandro s'avèrent être une menace pour les personnes autour d'eux. Pendant ce temps, déçu par son héros Takezo Kensei, Hiro se décide à réparer tout dommage que sa présence dans le Japon féodal a pu causer à l'histoire. Enfin, un autre Heroes perdu tombe sur un gang de bandits irlandais connaissant une partie de son passé.
The Kindness of Strangers – 2.04 (diffusé le 15.10.07)
Molly continue de faire des cauchemars à cause du "croque-mitaine" et quand Matt lui propose de le localiser sur une carte, les effets se révèlent dévastateurs. Noah Bannet commence sérieusement à s'inquiéter pour sa fille et le futur lorsqu'il la soupçonne d'avoir un nouveau petit-ami. Maya et Alejandro rencontre une tête bien connue dans leur chemin vers les Etats-Unis.
Elle débarque en Irlande où elle souhaite retrouver Peter, et ce à n'importe quel prix. Pendant ce temps, après l'attaque dont a été victime Molly, Matt et un de ses alliés partent pour Philadelphie afin de poursuivre le "boogeyman", mais ils seront vite dépassés par les évènements. Monica quant à elle essaye d'allier son rôle d'héroïne locale et ses nouvelles aptitudes, alors que Mohinder rencontre son nouveau partenaire et sa nouvelle mission. Dans le Japon féodal, Hiro continue de réparer le passé tandis qu’Ando rassemble les éléments qui lui sont nécessaires pour savoir ce qui est arrivé à son meilleur ami.
The Line – 2.06 (diffusé le 29.10.07)
Au lycée, West convainc Claire de donner une leçon à Debbie, la meneuse des cheerleaders car celle-ci qualifie Claire de trop ordinaire pour rejoindre l'équipe. De son côté, Mohinder doit faire face à un dilemme moral sérieux ; H.R.G. rend visite à son mentor russe pour tenter de trouver les dernières peintures prophétiques d'Isaac. Pendant ce temps, approchant de la frontière des Etats-Unis, Alejandro devient de plus en plus mal à l'aise avec les intentions de Sylar vis-à-vis de sa soeur Maya. Peter quand à lui recherche avec Caitlin une mystérieuse porte qu'il a peint et qui les conduit dans un endroit surprenant. Enfin, dans le Japon féodal, tandis qu'il essaie de rectifier l'histoire, Hiro lutte avec ses sentiments pour la princesse Yaeko qui est promise à Takezo.
Out of Time – 2.07 (diffusé le 05.11.07)
Lorsqu' une de ses aptitudes oubliées finit par se manifester, Peter -et Caitlin- se retrouvent plongés dans une situation de crise et découvrent à quel point le mystérieux virus qui frappe les Heroes peut être mortel. De leur côté, Mohinder, Matt, Nathan, Niki et Bob se rassemblent pour repousser l'attaque de l'homme des cauchemars de Molly.
Malgré tous les efforts de Claire pour les tenir séparés, West apprend que l'homme qui l'a kidnappé quand il était enfant est en fait Noah Bennet, le père de Claire. Pendant ce temps, au Japon, l'aventure légendaire d'Hiro et Takezo prend un tournant dramatique.
Four months ago – 2.08 (diffusé le 12.11.07)
Cet épisode se déroule 4 mois dans le passé et nous fait découvrir ce qui s'est réellement passé après l'explosion de la bombe dans le ciel de New-York. Nathan paie le prix fort pour son geste héroïque, Peter s'est fait capturer par la Compagnie qui le considérait comme une menace pour l'humanité. De son côté, DL se sacrifie pour sa famille, et nous découvrirons l'horrible crime commis par Maya 4 mois auparavant qui a fait d'elle et son frère les 2 personnes les plus recherchées du Mexique.
De son côté, Hiro rentre enfin du passé et apprend la mort de son père. N'acceptant pas son deuil, il retourne dans le passé et fait une découverte personnelle surprenante. Mohinder rencontre Elle et prend une décision importante qui va changer de nombreuses vies, alors que Matt lui, lutte contre l'évolution de ses pouvoirs. Pendant que Peter fait une rencontre qui pourrait bien lui faire revenir la mémoire, Maya et Alejandro voient leur relation se compliquer au fur et à mesure de leur voyage avec Sylar.
Truth – 2.10 (diffusé le 26.11.07)
Ayant eu une vision, Peter se rend à Primatech Paper, Texas avec Adam Monroe afin de détruire le virus qui d'après lui causera la mort de 93% de la population mondiale. De son côté, Niki et de retour auprès de Micah, Monica, elle, met ses aptitudes à rude épreuve pour réparer une erreur. Hiro quant à lui continue de poursuivre l'assassin de son père. Matt utilise ses nouvelles aptitudes pour retrouver la dernière personnes inconnue de la photo de la Compagnie. Maya doit faire un choix difficile entre Sylar et son frère alors que ceux-ci approchent des environs de New-York.
Powerless – 2.11 (diffusé le 03.12.07)
Dans les sous-sols de Primatech Paper, à Odessa au Texas, les retrouvailles entre Peter et Nathan prennent une tournure violente lorsque les frères, Matt et Hiro, s'affrontent à cause d’Adam et sa possession du virus Shanti. Après avoir été le témoin de la capture de sa cousine, Micah cherche de l'aide auprès de la seule personne capable de sauver Monica : Niki. Lorsque Sylar menace Mohinder et Molly, Maya découvre la vraie nature de Sylar. Elle de son côté, veut jouer les héros afin de retrouver l’estime de son père.