C'est surement du au fait que vous essayez depuis un PC qui a une IP en dehors de France.
Après des recherches, la solution semblait être Your-Freedom (cf http://www.commentcamarche.net/forum/affich-2531562-ftp-de-free-fr-probleme), mais actuellement, ils n'ont pas de serveur en France (cf http://your-freedom.net/142).
Enfin, je suis tombé sur Hide My Ass qui offre une liste de proxy gratuits, et notamment en France! Voici le lien: http://www.hidemyass.com/proxy-list/
Alors, il suffit de configurer FileZilla, par exemple, dans Settings > Generic Proxy et d'ajouter l'IP et le port d'un de ces proxy francais.
Oh, miracle, ces proxy fonctionnent :)