La D.G.A.F.P. précise, dans une lettre du 01/09/2012 adressée au ministre de la Justice, les conditions dans lesquelles un agent bénéficiant d’un reliquat de congés annuels non pris au terme de l’année civile du fait d’un congé de maladie peut alimenter son compte épargne-temps.Deux situations sont susceptibles de se présenter :
- soit l’agent a pris moins de 20 jours de congés dans l'année : il ne peut alors alimenter son C.E.T. par le report de congés annuels non pris en raison d'un congé de maladie et bénéficie alors d'un report de ces congés ;
- soit l'agent a pris un nombre de jours de congés au moins égal à 20 : il lui appartient, dans ce cas, d'opter soit pour une inscription sur le C.E.T. des jours restants dus, soit pour un report de ces congés.