Le triangle maudit de la phylogénie

Transcription de la chronique pour la 539ème émission de Podcast Science, dont la thématique était le triangle.

 

Comparé à d’autres chroniques que j’ai préparées pour Podcast Science, celle-ci ressemblera à une tribune à charge. En effet, comme disent de nombreux protagonistes dans la série Kaamelott : le triangle, on en a gros !

Je conçois qu’il soit surprenant que la thématique du triangle puisse à ce point me hérisser le poil, mais figurez-vous qu’elle m’a tout de suite fait penser à une image qui, en tant qu'évolutionniste, me chagrine beaucoup.
Alors non, il ne s’agit pas de la fameuse marche du progrès où s’alignent 6 représentants de la lignée des hominidés qui semblent progressivement se relever pour aboutir à un viril bonhomme.

Si vous voulez m’entendre vociférer sur la question, je vous invite à visionner une récente vidéo de Scilabus où Viviane Lalande est venue dans mon université discuter de cette image trompeuse.

L’image dont je parle aujourd’hui et qu’on peut retrouver dans de nombreux manuels scolaires, des pages wikipedia, voire de prestigieux articles scientifiques, c’est un triangle (ou une pyramide) pour représenter la classification hiérarchique en biologie.

Et selon moi, ce triangle est aussi inutile qu’une partition pour joueur dudit instrument.

Alors d’abord, ce triangle, que représente-t-il ? On y voit, depuis sa base jusqu’à son sommet, différentes sections appelées respectivement Règne, Embranchement, Classe, Ordre, Famille, Genre et Espèce. Il y a même des moyens mnémotechniques pour en restituer le contenu par cœur, comme Reste En Classe Ou Fais Grandes Études. Le moyen mnémotechnique devient parfaitement inutile, quand on sait que d’autres classifications vont substituer le niveau “Phylum” à Embranchement (donc Reste Pas Classe, conseil que je suis à la lettre…). On peut encore rajouter des rangs rigolos comme Empire, Domaine, Cohorte et autres Tribus. On le comprend, les termes concernés par les différentes classifications ne sont pas homogènes. Un comble décrit ainsi par le chercheur Ernest Small en 1989 : 

L'ironie est de constater que les spécialistes en classification biologique n'ont pas réussi à se doter d'une nomenclature claire et systématique à l'intérieur de leur propre champ d'activité et de ses composants […].

Mais si ce n’était qu’un problème de coordination entre différents spécialistes de la classification qui seraient en train de couper les cheveux en trois, ça ne me chafouinerait guère… Non, selon moi, ce sont les fondements de cette pyramide qui sont profondément viciés ! La raison en est simple : alors que la classification des espèces devraient refléter leurs liens de parenté restituant un processus évolutif, elle a été créée par quelqu’un qui n’était pas et ne pouvait pas être un évolutionniste, le naturaliste Suédois Carl von Linné. Souvenez-vous, je vous en parlais dans l’épisode…50 de Podcast Science, vous apprenant qu’

Au XVIIIème siècle, [...] Carl von Linné non seulement établit une classification du vivant mais surtout propose une méthodologie rigoureuse pour construire sa classification. En gros, il considère que le vivant est une grosse bibliothèque: il sait pas trop comment tous ces livres sont arrivés là, mais c’est pas grave, on va les classer quand même et on va faire du boulot rigoureux.
Il crée par exemple la notion de niveaux hiérarchiques dans les classifications avec 7 rangs: règne, embranchement, classe, ordre, famille, genre, espèce. L’idée, c’est que ces niveaux hiérarchiques s’emboitent: l’espèce fait partie d’un genre qui fait partie d’une famille qui fait partie d’un ordre, etc. “Mais pourquoi 7 [rangs]?” me demanderez-vous… Et bien [la légende veut que c’est] parce qu’à l’époque on considère que le chiffre 7 est un chiffre parfait… 

C’est discutable parce qu’il semble que Linné n’a initialement utilisé que 5 des 7 rangs. Par contre, c’est évident que leur nombre était totalement arbitraire.
Le travail de Linné a donc été compilé et publié sous le nom latin de Systema Naturae qui a connu 12 éditions successives entre 1735 et 1768. Oui, le bougre adore le latin et c’est notamment grâce à lui que maintenant toute espèce est connue sous un nom scientifique en latin qui suit ce qu’il a appelé la nomenclature binominale. Ainsi chaque espèce se retrouve dans les deux rangs hiérarchiques de la pointe de son triangle maudit : le genre et l’espèce. L’espèce humaine sera Homo sapiens, la souris Mus musculus et le chat Felis catus. On peut même faire des blagounettes et appeler des grenouilles du genre Mini respectivement Mini mum, Mini ature et Mini scule…

Mais au-delà de nous faire glousser, je me demande régulièrement pourquoi la classification hiérarchique de Linné est toujours à ce point prégnante dans nos classifications des espèces actuelles. Certes, on a tout de même réussi à déloger certains règnes particulièrement embarrassants de nos classifications modernes (par exemple exit le règne minéral dans nos classifications, n’en déplaise aux géologues…), mais force est de constater que les mots Familles, Ordre ou Classe sont toujours d’usage. Or les rangs hiérarchiques (règne, embranchement, classe, ordre, etc.) ne sont pas requis par la phylogénie moderne et n’ont pas de justification biologique fondamentale universelle. Et si on en croit certains courants de systématiciens, leur maintien est principalement pragmatique, “pédagogique” et conventionnel.
Pour comprendre pourquoi ça me stupéfait, il faut que je vous explique la méthode que j’enseigne à mes étudiant·e·s pour classer le vivant, ce qu’on appelle la méthode Hennigienne.
Il s'agit d'une méthode qu'on nomme aussi la cladistique et qui a été créée par un entomologiste est-allemand, Willi Hennig. C'est en  1950 que Hennig a proposé de plus ou moins faire table rase de la classification de Carl von Linné, via son ouvrage intitulé "Fondements d'une théorie de la systématique phylogénétique". Son but : classer les espèces en constituant des groupes d'apparentement, en appliquant strictement ce que nous enseigne la théorie de l'évolution, c'est à dire le principe de descendance avec modification.
Résumé simplement, ce principe édicte qu'un groupe d'apparentement, pour être valide, doit être constitué d'un ancêtre et de l'ensemble de ses descentants. Il donne à ce type de groupe le nom de "monophylétique" à l'opposé de groupes invalides car ne contenant en son sein qu'une partie de la descendance d'un ancêtre. Comment constituer un groupe monophylétique ? Et bien en ne se fiant qu'aux caractères similaires car hérités d'un ancêtre commun qui l'aurait transmis à l'ensemble de ses descendants. Ainsi, quand on prend deux espèces et leur ancêtre commun exclusif, on peut trianguler un groupe d'apparentement exclusif dit monophylétique. Et bah c'est tout... On n'a pas besoin de plus de choses que ça pour pouvoir établir une classification : juste deux notions, l'espèce et le groupe monophylétique d'espèce (qu'on nomme également clade ou taxon, si vraiment on veut varier les plaisirs, mais ce sont des synonymes). Pourquoi on se casse la tête à faire des genres, des familles ,des tribus... alors que tout ce dont on a besoin, c'est de constituer des groupes monophylétiques !
Dans un article paru sur le site “The Average Scientist”, Dane Pavitt fait, à propos de la cladistique, la remarque suivante :

Il est important de noter qu’à mesure que les espèces évoluent et changent au fil du temps, elles ne quittent pas le clade d’où elles proviennent, peu importe à quel point elles diffèrent de la condition ancestrale. Elles forment simplement un nouveau clade dans l'original. De multiples nouveaux clades peuvent se former dans un clade ancestral, ce qui donne à la cladistique une nature presque fractale.

Mais surtout, ça permet d’abandonner des noms de groupes qui étaient devenus parfaitement obsolètes à la lumière de l’évolution, comme par exemple le groupe des reptiles ou des poissons.

Et enfin, d’utiliser les clades, ça nous permet de comprendre progressivement pourquoi les rangs de groupes deviennent un peu absurde. Pourquoi donner un rang particulier au groupe des mammifères et moins à celui des mammifères placentaires ? Pour quoi garder le Genre Homo alors qu’il n’y a plus qu’une espèce dedans ?
En conclusion, j’espère que cette chronique au format de défouloir, vous aura convaincu que les personnes qui insistent à transmettre religieusement la hiérarchie linnéenne à 7 rangs bien poussiéreux… méritent d’être é-triangulés!

Références :

Ruggiero, M. A., Gordon, D. P., Orrell, T. M., Bailly, N., Bourgoin, T., Brusca, R. C., Cavalier-Smith, T., Guiry, M. D., & Kirk, P. M. (2015). A higher level classification of all living organisms. PLOS ONE, 10(4), e0119248. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0119248
Ernest Small, « Systematics of Biological Systematics (Or, Taxonomy of Taxonomy) », Taxon, International Association for Plant Taxonomy (IAPT), vol. 38, no 3,‎ août 1989, p. 335-356 (ISSN 0040-0262, DOI 10.2307/1222265, JSTOR 1222265).

Liens : 

On the Origins of “The March of Progress”
Curieuse Nature - Nom d'espèce et Classification
From Ranks to Clades - The Old and New of Taxonomy