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Proposition de stage (master 1) : Diversité morphologique et phylogénétique de Pseudomonas fluorescens du sol

Publié le 08 septembre 2009 par Timothée Poisot

Si jamais il y a parmi mes lecteurs, ou parmi leurs connaissances, des étudiants de M1 (ou de M2), nous recherchons un(e) candidat(e) pour le stage suivant. Profil recherché : soit bio mol, soit microbio. Caféinomanie aggravée facultative mais souhaitable pour des raisons d’intégration sociale…

Encadrement : Timothée Poisot (contact) et Michael E Hochberg

Equipe d’accueil : Institut des Sciences de l’Evolution, groupe Ecologie, évolution, communautés

Contexte scientifique du stage : La bactérie Pseudomonas fluorescens s’est imposée, au cours des dernières années, comme un organisme modèle en évolution expérimentale. La majorité des travaux sont réalisés avec la souche SBW25. Afin d’approcher au plus près la complexité des systèmes naturels, il est important d’intégrer dans nos analyses le facteur diversité, en élargissant les travaux à d’autres souches de P. fluorescens. Notre groupe a récemment collecté 70 souches environnementales (échantillons clonaux provenant d’une colonie unique) de cette bactérie, isolées sur milieu sélectif Gould S1, et provenant de divers points sur le campus de l’UM2.

Tâche confiée au stagiaire : Le stagiaire sera en charge de génotyper ces isolats environnementaux, en utilisant l’approche multilocus proposée par Frapolli et collaborateurs. 10 gènes de ménage, à expression constitutive, seront séquençés, et une phylogénie des souches obtenues sera réalisée (i) indépendamment sur chaque gène, et (ii) sur le contig des 10 gènes. A partir des données génétiques ainsi collectées, nous estimerons, outre la diversité phylogénétique de notre banque de cultures, l’occurrence d’évènements de recombinaison intra et intergénique.

Les relations entre proximité phylogénétique et proximité spatiale seront étudiées.

En parallèle, nous procéderons à une caractérisation de la morphologie des différents isolats, et chercherons à savoir dans quelle mesure les traits morphotypiques sont hérités phylogénétiquement.

Selon la durée du stage, le stagiaire pourra participer à la collecte d’échantillons sur le terrain, puis à leur isolation, afin d’augmenter la taille de la banque de souches.

Profil recherché : Le stagiaire devra avoir une formation en biologie moléculaire couvrant les principales méthodes utilisées lors de ce stage : PCR, extraction d’ADN, migration sur gel, et la motivation de se lancer dans l’apprentissage de méthodes de base en microbiologie et phylogénie.


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