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Stage de M2 recherche : écologie et évolution expérimentale

Publié le 20 octobre 2009 par Timothée Poisot

Nous cherchons toujours un(e) stagiaire de M2, pour ce stage rémunéré, a effectuer à l’Université Montpellier 2. Début en janvier, poursuite en thèse possible.

La question de la réponse au stress est centrale en sciences biologiques, et a reçu une attention très importante en écologie et biologie évolutive ces dernières années. Quelle est la réponse évolutive des organismes à un stress environnemental? Comment cette réponse est-elle contrainte par, et affecte t-elle  les relations fortes (notamment de coévolution antagoniste [1]) avec d’autres espèces? Les systèmes microbiens représentent un moyen intéressant d’explorer ces questions générales [2].

Des prédictions théoriques [3] proposent que les parasites se spécialisent sur des ressources dont la pérennité dans le temps évolutif est assurée (predictible resources). Le stress représenté par une variation environnementale est susceptible de modifier les chances de survie des hôtes, affectant ainsi les possibilités de spécialisation des parasites. En parallèle, plusieurs auteurs ont proposé que l’alternance entre différents environnement permettait la coexistence de stratégies spécialistes et généralistes [4, 5].

L’objectif de ce stage est, en utilisant des populations déjà différenciées d’un couple modèle en évolution expérimentale (Pseudomonas fluorescens et son phage lytique SBW25 Phi-2 [6]) ayant co-évolué dans des environnements différents (forte et faible salinité, en alternance), de mesurer l’évolution de la spécificité des phages pour leurs différents hôtes. Les populations ont été obtenues en propageant, pendant 12 transferts (approx. 100 générations) des populations de bactéries exposées ou non au phage, en alternant entre les environnements hyper-salins et normaux.

Ce stage permettra de tester les attendus théoriques sur l’évolution de la spécificité dans un environnement hétérogène. Il sera effectué dans l’équipe «Ecologie, évolution, communautés» de l’Institut des Sciences de l’Evolution.

Bibliographie : 1. Thompson, J.N., The Geographic Mosaic of Coevolution. 2005: University Of Chicago Press. 2. Jessup, C.M., et al., Big questions, small worlds: microbial model systems in ecology. Trends in Ecology & Evolution, 2004. 19(4): p. 189–197. 3. Ward, S., Assessing Functional Explanations of Host-Specificity. American Naturalist, 1992. 139(4): p. 883. 4. Kassen, R., The experimental evolution of specialists, generalists, and the maintenance of diversity. Journal of Evolutionary Biology, 2002. 15(2): p. 173–190. 5. Jasmin, J.-N. and R. Kassen, On the experimental evolution of specialization and diversity in heterogeneous environments. Ecology Letters, 2007. 10(4): p. 272–281. 6. Buckling, A. and P.B. Rainey, Antagonistic coevolution between a bacterium and a bacteriophage. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 2002. 269(1494): p. 931–936.

Publications récentes de notre équipe : Poullain V., Gandon S., Brockhurst M.A., Buckling A. & Hochberg M.E. 2008. The evolution of specificity in evolving and coevolving antagonistic interactions between a bacteria and its phage. Evolution 62: 1-11 Venail P., MacLean R.C., Bouvier T., Brockhurst M.A., Hochberg M.E. & Mouquet N. 2008. Diversity and productivity peak at intermediate dispersal rate in evolving metacommunities. Nature 452:210-214 Vogwill T., Fenton A., Buckling A., Hochberg M.E. & Brockhurst M.A. 2009. Source populations act as coevolutionary pacemakers in experimental selection mosaics containing hotspots and coldspots. American Naturalist 173 vol 5 Escobar-Paramo P., Faivre N., Buckling A., Gougat-Barbera C. & Hochberg M.E. 2009. Persistence of costly novel genes in the absence of positive selection. Journal of Evolutionary Biology 22: 536-543

Commentaires Une poursuite en thèse sera envisageable. Ce projet est financé par l’ANR Blanche « Evolstress ».

Techniques Une caractérisation moléculaire (PCR/séquençage) des phages présentant différents niveaux de spécificité peut être envisagée, suite au séquençage de 15 génomes viraux complets.

L’évaluation de la spécificité parasitaire se fera principalement par la méthode du «streaking» (confrontation génotype par génotype), mais d’autres mesures pourront être testées (réduction de la croissance bactérienne, …).

CONTACT : Timothée POISOT (Timothee.Poisot@univ-montp2.fr)


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