En augmentation sur le marché, les biocarburants ne présenteraient que peu d'avantages écologiques face à l'essence.
En 2007 déjà, l'EMPA était arrivé à la conclusion que les biocarburants ne sont pas forcément plus respectueux de l'environnement que les carburants fossiles. Certes, nombre d'entre eux produisent jusqu'à 30% de gaz à effet de serre en moins mais leur production et leur fabrication causent souvent des nuisances plus élevées que l'essence ou le diesel, en termes notamment d'hyperacidité des sols et d'eaux polluées par l'abus d'engrais.
Sur mandat de l'Office fédéra suissel de l'énergie, l'équipe de Rainer Zah, de l'EMPA, a mis au point une nouvelle méthode d'évaluation incluant de nouvelles plantes énergétiques et de nouveaux processus de transformation. Conclusion : la plupart des biocarburants ne font que déplacer les pollutions engendrées ; peu de gaz à effet de serre, mais plus de dommages consécutifs sur les sols affectés à leur culture.
Seuls quelques biocarburants présentent un bilan écologique globalement meilleur que l'essence. En premier lieu le biogaz obtenu à partir de matières résiduelles ou de déchets qui, selon la matière initiale employée, a un impact environnemental jusqu'à moitié moindre que l'essence. Parmi les biocarburants, ceux à base d'éthanol présentent de manière générale un meilleur bilan écologique que ceux produits à base d'huiles. Les résultats dépendent toutefois considérablement des procédures et des technologies de production.
Les chercheurs se sont en outre rendu compte qu'ils avaient sous-estimé en 2007 les effets de la transformation de surfaces naturelles, par exemple le défrichement de forêts tropicales, sur le bilan des gaz à effet de serre. L'étude actuelle montre que les biocarburants issus de surfaces défrichées génèrent habituellement plus de gaz à effet de serre que les carburants fossiles.