Dans les eaux de la grande barrière de corail, Marin, un poisson-clown, mène une existence paisible avec son fils unique, Nemo. Malgré les conseils et la surveillance de son père, le jeune poisson intrépide n’attend qu’une occasion pour aller découvrir les mystères de son vaste monde. Lorsque vient le jour d’aller à l’école, Nemo n’hésite pas : sa curiosité le pousse à s’approcher d’un bateau… près duquel un plongeur le capture sous les yeux horrifiés de son père. Dès lors, Marin va tout faire pour retrouver son fils…