2011. Dans un pays d'Europe de l'Est (la République Slave de l'Est), une guerre civile fait rage et des bruits courent quant à l'utilisation d'armes bio-organiques. Les services secrets américains y envoient leur agent Léon Kennedy afin de vérifier la véracité de ces rumeurs, qui s'avèrent alors exactes. Rappelé par son agence, il passe outre cet ordre et décide de rester sur place combattre ces monstruosités tout en cherchant une explication à leur déploiement. Dans une ville en proie au chaos, il rencontre sa vieille ennemie Ada - qui se faisait passer pour membre du BSAA auprès des dirigeants du pays, en quête d'un nouvel échantillon à voler - et découvre que l'utilisation du virus est l'oeuvre de la présidente de la nation qui y voyait un moyen simple de détruire toute résistance à son pouvoir. La propagation est finalement stoppée, mais d'autres événements surgissent ailleurs.
Non loin de Singapour, une école de grande renommée voit apparaître les prémices d'une contamination au virus T via la découverte d'une élève zombifiée. L'école Marhawa ne pouvant se permettre de rendre publique une telle nouvelle sous peine de fermeture, sa directrice décide de gérer l'affaire en interne et ne fait appel qu'à un professeur d'université américain spécialisé dans le bioterrorisme afin de l'y aider. Ce dernier se fait accompagner par son neveu Ricky, et commence alors son investigation au sein de l'établissement. D'autres cas apparaissent et la situation devient vite incontrôlable, le BSAA désormais contacté - Chris, Piers et Merah- n'arrivant que trop tardivement sur les lieux et découvrant un enfer où l'adolescent n'est plus que l'un des rares survivants. A l'origine de cette contamination se trouve une ancienne élève décédée puis ressuscitée par un nouveau virus et décidée à tout détruire en guise de vengeance; et un mystérieux personnage qui lui en a donné ce pouvoir.
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