Dès le VIème siècle, les Glénans dépendaient du monastère de Saint-Gildas de Rhuys, qui possédait également Loctudy ; mais au commencement du XIIIème siècle, l'évêque de Quimper Renaud obtint la soustraction de Loctudy à la juridiction de Rhuis et à la direction des abbés laïcs au Pont ; cependant, les Glénans demeurèrent aux religieux de Saint-Gildas, Un prieuré devait exister à l'île Saint-Nicolas, qui possédait une chapelle sous ce vocable ; mais les religieux n'y durent pas résider longtemps. Un aveu de 1584 déclare que « les îles sont inhabitées, sans aucun logis ni bâtiment ». (extrait de infobretagne.com).
En 1758 la garnison militaire comptait un aumonier sur fort Cigogne. Durant la Révolution offices et sacrements se faisaient sur le continent. A partir de 1870 M. l'abbé de Marhallac'h se précoccupa de la centaine d'âmes disséminées dans l'archipel et projetta la construction d'une chapelle en bois sur l'île du Loch. La paroisse des Glénan subsistera avec difficultés aux intempéries, avec une population fluctuante, jusqu'en 1883.
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