Cette recherche de biologistes de la North Carolina State University sur les microbiomes de nos ancêtres propose des hypothèses sur l'influence des microbes sur nos premières vies quotidiennes et sociales. Ces travaux, présentés dans la revue Frontiers in Ecology and Evolution suggère que le microbiome de nos ancêtres aurait pu jouer un rôle clé dans l'évolution humaine. En particulier, la capacité d’adaptation du microbiome intestinal aurait permis la dispersion et l'adaptation humaines dans de nouvelles zones géographiques.
A quoi les microbiomes de nos ancêtres pouvaient-ils ressembler et comment ont-ils donc évolué, s’interroge ici l’équipe de Rob Dunn de la North Carolina : « La médecine, le régime alimentaire et bien d'autres domaines prennent plus de sens à la lumière d'une meilleure compréhension des microbes qui faisaient partie de la vie quotidienne de nos ancêtres ».
Des « microbiomes adaptatifs » pour mieux connaître nos ancêtres
Le microbiome s’adapte, le microbiome témoigne : Ces microbiomes adaptatifs pourraient avoir été essentiels à la survie et à l’épanouissement des humains dans toute une gamme d'environnements différents. L’équipe a analysé les données d'études publiées précédemment pour comparer le microbiote chez l'homme, les grands singes et d'autres primates non humains. Cette analyse permet de conclure à une variation substantielle dans la composition et la fonction du microbiome humain en corrélation avec la géographie et le mode de vie. Cela suggère que le microbiome intestinal humain s'est rapidement adapté aux nouvelles conditions environnementales.
De nouveaux environnements de vie, de nouveaux microbiomes : lorsque nos ancêtres ont migré dans de nouvelles zones géographiques, ils ont dû faire face à de nouveaux choix alimentaires et à de nouvelles maladies. Ils ont utilisé des outils et des processus différents pour obtenir et transformer des aliments. Leur microbiome adaptatif a dû digérer de nouveaux aliments, protéger contre de nouvelles bactéries. L'adaptation microbienne a donc joué un rôle essentiel dans cette adaptation humaine à de nouveaux modes de vie.
Le partage social des microbes favorise de nouveaux modèles microbiotiques : les chercheurs soulignent que ce partage social des bactéries a pu conduire à des adaptations microbiennes locales. Un partage interhumain mais sans doute également de l’Homme aux aliments : la fermentation des aliments, qui permettait à nos ancêtres de stocker de la nourriture plus longtemps, aurait ainsi facilité la persistance de communautés humaines, consommant les mêmes aliments ensemble, et présentant au fil du temps un même microbiote : « Nous avons externalisé nos microbes corporels dans nos aliments », écrivent les chercheurs.
Ces hypothèses doivent encore être travaillées par des paléoanthropologues, des médecins, des biologistes. Cependant ces travaux ouvrent la voie à un nouveau champ de recherche, l’analyse de nos microbiomes comme témoignages ou signatures de notre évolution et de nos modes de vie.
Source: Frontiers in Ecology and Evolution 19 February 2020 DOI : 10.3389/fevo.2020.00025 The Internal, External and Extended Microbiomes of Hominins
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