L'histoire de Kinosaki Onsen débute grâce à un moine bouddhiste du nom de Dōchi Shōnin qui voyageait dans tout le pays pour venir au chevet des personnes souffrantes. Ses voyages l'amenèrent jusqu'à Kinosaki Onsen, et il reçut l'oracle d'un Dieu local lui disant de prier pendant 1000 jours pour sauver les malades, ce qu'il fit. Le 1000e jour, des sources chaudes jaillirent du sol. L'eau thermale devint alors réputée dans la région et dans tout le pays pour son incroyable pouvoir de guérison. L'empereur de l'époque en fut informé. Après avoir reconnu l'authenticité des sources de Kinosaki, il donna le titre de "temple gardien de Kinosaki Onsen" au temple fondé par Dōchi Shōnin pour la protection de Kinosaki, ses sources, et ses habitants. Ce lieu, nommé le temple Onsenji, recèle un trésor national montré intégralement au public seulement tous les 30 ans pendant 3 ans. Le nom de cette statue est Juichimen Kanzeon Bosatsu, ou la " Déité de la grâce et de la compassion à 11 têtes ". Cette statue est actuellement visible dans le temple, qui est aussi ancien que la ville thermale elle-même, jusqu'en avril 2021. Pour le 1300ème anniversaire, de nombreux magasins proposent des produits et des événements spéciaux, comme des menus particuliers à 1300 yens dans certains restaurants, une " chasse aux tampons " dans la ville, ainsi que des sakés et des gâteaux en édition limitée.
Il n'existe que très peu de sources thermales japonaises aussi anciennes que Kinosaki dont la date de la découverte des bains est connue. Kinosaki est citée dans plusieurs documents historiques qui prouvent sa date d'apparition dès 720. L'endroit où la source d'eau chaude a été découverte et qui est citée dans ces documents correspond à l'actuel bain Mandara yu.
Tous les ans, le 23 et 24 avril, se tient le Onsen Festival pour commémorer Dōchi Shōnin. Les moines du temple Onsenji, temple où les visiteurs montrent régulièrement leur gratitude envers Dōchi Shōnin, font le tour des sept bains thermaux afin de prier pour la prospérité de Kinosaki Onsen.
Cette année le contexte exceptionnel du COVID-19 contraint les voyageurs à rester chez eux, c'est donc Kinosaki Onsen qui vient jusqu'à eux. Kinosaki Onsen et Toyooka ont mis en place des règles sanitaires strictes pour que les voyages, en temps voulu, puissent se faire de la manière la plus sûre possible, en créant notamment un guide des règles d'hygiène et de sûreté.