C’est la conclusion de cette large étude de séquençage d’une équipe de l’University of Texas at Austin qui montre à partir de plusieurs milliers de patients infectés que le coronavirus SARS-CoV-2 accumule les mutations génétiques, dont une, en particulier, qui contribue à rendre la souche virale plus contzgieuse. Cette étude, l’une des plus larges portant sur le séquençage du génome du SRAS-CoV-2, évaluée par des pairs et menée dans une grande région des États-Unis, révèle ainsi, dans mBio, cette mutation, appelée D614G, localisée dans la protéine de pointe qui « ouvre nos cellules à l'entrée virale ».
L’étude, menée durant l'été 2020, avait donné lieu, le mois dernier, à une précédente publication sur le serveur de pré-impression medRxiv. La recherche identifie un grand nombre de souches virales distinctes dans chaque code postal de la région de Houston (Voir carte ci-dessous). Ce séquençage du génome du virus retrouvé chez plus de 5.000 patients COVID-19 éclaire son évolution avec une accumulation de nombreuses mutations génétiques, dont l'une peut augmenter considérablement sa contagiosité. Les scientifiques identifient ici un total de 285 mutations sur des milliers d'infections, bien que la plupart de ces mutations ne semblent pas avoir d'effet significatif sur la sévérité de la maladie.
Le virus mute selon une « dérive neutre »
Les chercheurs nous expliquent en effet que le coronavirus SARS-CoV-2 subirait en quelque sorte des changements génétiques aléatoires qui ne l’aident pas ou ne lui nuisent pas particulièrement ou ne vont pas modifier de manière significative sa pression sur notre système immunitaire. L’auteur principal, le Dr Ilya Finkelstein, professeur agrégé de biosciences à l'Université du Texas à Austin et son équipe ot cependant identifié une mutation, en particulier, qui pourrait accroître la virulence du SARS-CoV-2.
Une mutation particulière :
- Au cours de la vague initiale de la pandémie, 71% des nouveaux coronavirus identifiés chez les patients de Houston étaient porteurs de cette mutation,
- Lors de la deuxième vague de l'épidémie située à Houston au cours de l'été, cette variante avait bondi à un niveau de prévalence de 99,9% démontrant ainsi une sorte de supériorité sur les autres souches en circulation ;
- cette souche dominante reflète une tendance observée dans le monde entier, précisent les chercheurs : ils citent une étude publiée en juillet basée sur l’analyse de plus de 28.000 séquences génomiques qui révélait que les variants porteurs de la mutation D614G sont devenus la forme dominante mondiale de SRAS-CoV-2 en un mois environ seulement.
Une souche dominante :
Alors pourquoi les souches porteuses de cette mutation ont-elles surpassé les autres souches ?
Une autre étude menée sur plus de 25.000 séquences génomiques au Royaume-Uni révèle que les virus porteurs de cette mutation ont tendance à se transmettre légèrement plus rapidement et provoquent de plus grands groupes d'infections (clusters). La sélection naturelle favorise les souches du virus qui se transmettent plus facilement. Mais tous les scientifiques ne sont pas convaincus par cette explication : certains font référence à des effets fondateurs, c’est-à-dire que la mutation D614G aurait pu être plus courante dans les premiers virus à arriver en Europe et en Amérique du Nord. Cet effet fondateur aurait conféré à cette souche une longueur d'avance sur d'autres souches.
La protéine de pointe Spike mute aussi, révèle également l’étude : des expériences de laboratoire montrent ici qu'au moins une de ces mutations permet à Spike d'échapper à un anticorps neutralisant que les humains produisent naturellement pour lutter contre les infections du SRAS-CoV-2. Cela peut permettre à cette variante du virus de surmonter plus facilement notre réponse immunitaire. Cependant, les scientifiques ignorent encore si les mutations de Spike favorisent une transmission plus facile entre les individus.
La bonne nouvelle est que cette mutation est rare et ne semble pas être à l’origine de formes plus sévères de la maladie chez les patients infectés.
« Le virus continue son évolution au fil de sa circulation à travers le monde. Seule une surveillance en temps réel permettra de laisser aux thérapies et aux futurs vaccins « une longueur d'avance » ».
Les études se poursuivent pour surveiller la « troisième vague » de patients COVID-19 et pour caractériser l’adaptation du virus aux anticorps neutralisants produits par notre système immunitaire.
Source: mBio 30 Oct, 2020 DOI: 10.1128/mBio.02707-20 Molecular Architecture of Early Dissemination and Massive Second Wave of the SARS-CoV-2 Virus in a Major Metropolitan Area
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