C’est un cas clinique, celui d’une patiente âgée de 90 ans diagnostiquée positive à 2 variants différents du SARS-CoV-2, les variantes britanniques et sud-africaines en même temps. Ce cas présenté et documenté lors du récent Congrès de la Société européenne de microbiologie clinique et des maladies infectieuses (European Congress of Clinical Microbiology & Infectious Diseases- ECCMID) suggère une incidence bien plus élevée de ce type de co-infections, appelle à des recherches sur leur corrélation avec des formes plus sévères de la maladie et à de nouveaux tests de séquençage permettant de mieux les identifier.
L’équipe de cliniciens belges (hôpital OLV, Alost) rapporte que le 3 mars 2021, une patiente sans antécédents médicaux a été admise à l'hôpital après une série de chutes. Elle a été testée positive au COVID-19 le même jour. Cette patiente vivait seule et recevait des soins infirmiers à domicile, et n'avait pas été vaccinée contre le COVID-19. Initialement, la patiente n’a présenté aucun signe de détresse respiratoire et avait une saturation normale en oxygène. Cependant, elle a rapidement développé des symptômes respiratoires qui se sont aggravés. Son décès est intervenu 5 jours plus tard.
2 souches différentes du virus : B.1.1.7 (Alpha) et B.1.351 (Beta) chez un même patient
L’analyse par PCR de l'échantillon respiratoire de la patiente identifie en effet 2 souches différentes du virus, B.1.1.7 (Alpha)- UK et B.1.351 (Beta)-Afrique du Sud. La présence des 2 souches est ensuite confirmée par PCR sur un deuxième échantillon respiratoire, par séquençage du gène S et par séquençage du génome entier.
L’un des premiers cas documentés de co-infection avec 2 variants préoccupants du SRAS-CoV-2 : l'auteur principal, le Dr Anne Vankeerberghen, biologiste moléculaire à l'hôpital OLV d'Alost précise : « Ces 2 variants circulaient en Belgique à l'époque, il est donc probable que la patiente ait été coinfectée par différents virus provenant de personnes différentes. Malheureusement, nous ignorons précisément comment ».
Quelques précédents …
- En décembre 2020, les autorités britanniques informaient l'Organisation mondiale de la santé (OMS) qu'un variant (B.1.1.7 ; Alpha) avait été détecté dans le sud-est de l'Angleterre (Kent). En quelques semaines, cette variante devenait dominante dans la région puis se propageait dans plus de 50 pays, dont la Belgique. Le 18 décembre 2020, les autorités sud-africaines signalaient qu'une nouvelle variante (B.1.351; Beta) avait été détectée et se propageait rapidement dans 3 provinces d'Afrique du Sud. Quelques semaines plus tard, la variante était identifiée dans au moins 40 pays, dont la Belgique.
- En janvier 2021, des scientifiques brésiliens ont également signalé 2 cas de co-infection par 2 souches du coronavirus (variante brésilienne B.1.1.28 (E484K) + variante VUI-NP13L détectée à Rio Grande do Sul).
- Enfin, des cas de co-infection par différentes souches grippales sont documentés dans la littérature.
La co-infection, un facteur de détérioration plus rapide du patient ? Les auteurs ne savent pas répondre mais appellent à mieux identifier et à étudier ces cas qui sont, très probablement, plus fréquents :
« l'occurrence mondiale de ce phénomène est probablement sous-estimée en raison du nombre limité de tests pour ces variants préoccupants ».
Source: European Congress of Clinical Microbiology & Infectious Diseases (ECCMID) 10-Jul-2021 90-year-old woman infected with UK and South African COVID-19 variants at the same time
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