R : test de Scheirer-Ray-Hare

Sans plus d’explications par manque de temps, une fonction R qui permet de faire le test de Scheirer-Ray-Hare. Il faut que les échantillons soient balancés (autrement dit, même nombre d’observations par cas, mais avec sample, on s’en sort).

SHR<-function(r,pf,sf){

lm1 <- lm(rank(r)~pf*sf)

anolm1 <- anova(lm1)

MS <-  anolm1[1:3,1:3]

MS[,4] <- MS[,2]/(length(r)*(length(r)+1)/12)

MS[,5] <- (1-pchisq(MS[,4],MS[,1]))

colnames(MS)[4:5] <- c("H","pvalue")

MS

}

Unrelated news : on a soumis notre premier papier qui parle un peu de ça à l’International Journal for Parasitology. Et comme on aime vraiment rédiger, on est reparti dans un autre… Et je passe ma journée à faire des arbres, des calculs de distances, et à essayer de comprendre ce que ça veut dire. Donc hors de question de bloguer avant un bon mois…