Cette équipe de biologistes de l’Université de Cambridge estime, qu’avec le séquençage du génome entier, à partir d’un simple prélèvement sanguin, il serait possible d’améliorer de 30% la détection de maladies rares et d’éviter ainsi à de nombreuses familles concernées de très longs parcours pour parvenir au diagnostic. Ces travaux, publiés dans le British Medical Journal (BMJ) montrent en effet que le séquençage du génome entier, possible à partir d'un seul test sanguin détecte 31% de cas de troubles génétiques rares en plus que les tests standards.
Rappelons qu’en France, certains patients seulement peuvent bénéficier d’un séquençage génomique au cours de leur parcours de soins lorsqu’il existe une suspicion de maladies pour lesquelles le séquençage du génome complet peut apporter plus de données que les techniques utilisées en routine dans les laboratoires de génétique. Cette analyse du génome entier (WGS : whole genome sequencing), porte sur l’ensemble de l’ADN et permet la détection de variants rares. Ces mêmes variants peuvent induire le développement de maladies rares ou une susceptibilité plus élevée chez leurs porteurs.
Un nouvel espoir pour les familles privées de diagnostic
La technique est particulièrement précieuse, lorsqu’il s’agit de maladies mitochondriales qui touchent environ 1 personne sur 4.300 et provoquent des pathologies évolutives et incurables. Elles font partie des maladies héréditaires les plus courantes, mais restent complexes à diagnostiquer, notamment parce qu'elles peuvent affecter de nombreux organes différents et partager certains symptômes avec d’autres affections. Au Royaume-Uni, lieu de l’étude, comme en France, les Autorités sanitaires réfléchissent à un programme national de diagnostic basé sur le séquençage du génome entier, afin d’effectuer plus de diagnostics plus rapidement.
Les tests génétiques « standards » ou génotypages -qui ne recherchent que les variantes les plus courantes- ne parviennent pas à diagnostiquer environ 40 % des patients atteints de maladies génétiques rares, avec des implications majeures pour les patients, leurs familles et les services de santé.
Généraliser plus largement le le séquençage du génome entier : la recherche est menée auprès de 319 familles avec suspicion de maladie mitochondriale recrutées dans le cadre du programme des NHS « 100,000 Genomes Project » mis en place pour découvrir de nouveaux gènes de susceptibilité et rendre à terme le diagnostic génétique accessible à un plus grand nombre de patients. Dans le cadre de l’étude, un total de 345 participants, âgés de 0 à 92 ans ont eu leur génome entier séquencé. Grâce à différentes analyses, les chercheurs ont estimé que :
- le séquençage du génome entier permet d’établir un diagnostic génétique certain ou probable pour 98 familles soit 31 % des participants ;
- les tests standards n’ont permis de poser un diagnostic que chez 2% des 98 familles ;
- au total, le séquençage du génome entier a identifié 95 gènes de susceptibilité ;
- 62,5% des diagnostics posés sont relatifs à des troubles non mitochondriaux : cela confirme ou explique aussi que de nombreuses maladies soient confondues avec des troubles mitochondriaux…La plupart des participants diagnostiqués avec des troubles non mitochondriaux présentaient toute une variété de conditions, dont des troubles du développement avec déficience intellectuelle, des troubles épileptiques graves et des troubles métaboliques, ainsi que des maladies cardiaques et neurologiques. « Ces patients n’auraient pas été correctement diagnostiqués sans le séquençage complet du génome », ajoutent les chercheurs.
- 37,5% des diagnostics impliquent des gènes connus pour provoquer une maladie mitochondriale. Ce qui est remarquable est que ces diagnostics étaient presque tous uniques à une famille de participants particulière, ce qui reflète la diversité génétique observée dans ces troubles.
L’auteur principal, le Dr Patrick Chinnery de l'unité de biologie mitochondriale du département de neurosciences cliniques de l'Université de Cambridge commente ainsi ces résultats : « nous recommandons que le séquençage du génome entier soit proposé tôt et avant les tests invasifs tels que les biopsies.
Pour effectuer un séquençage du génome entier, un test sanguin suffit,
ce qui signifie que ces séquençages « WGS » pourraient être proposés partout sur le territoire« .
Un autre auteur, le Dr Katherine Schon de l'unité de biologie mitochondriale ajoute : « Un tel diagnostic génétique peut considérablement aider les patients et leurs familles, en leur donnant accès à des informations personnalisées sur le pronostic, le traitement, voire les options de reproduction dont le diagnostic génétique préimplantatoire ou prénatal ».
Le Royaume-Uni travaille également sur un programme national basé sur cette approche pangénomique, avec l’objectif d’apporter la même offre diagnostique à tous mais aussi de développer une plate-forme nationale de familles atteintes de maladies rares, « qui leur offre aussi un meilleur accès aux essais cliniques et aux nouveaux traitements ».
Source: BMJ 11 October 2021 DOI: 10.1136/ bmj-2021-066288 Use of whole genome sequencing to determine the genetic basis of suspected mitochondrial disorders: a cohort study
Équipe de rédaction SantélogNov 22, 2021Rédaction Santé log
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