Difficile de se prononcer sur le nouveau variant Omicron, fortement muté et qui, ces derniers jours a mis la communauté médicale en alerte. En effet, à ce jour, on ignore si Omicron (ou B.1.1.529) est plus transmissible que Delta et le nombre de cas identifiés en Afrique du Sud reste modeste.
Le virus sera-t-il « compétitif » par rapport aux autres souches en circulation, augmentera-t-il sa prévalence, est-il une menace pour l'efficacité des vaccins COVID ? Si pour les experts de la revue Nature, la question reste posée, l’OMS a d’ores et déjà désigné la variante B.1.1.529 comme « préoccupante » et l’Agence européenne ECDC, estime son risque de propagation en Europe, comme élevé.
Détecté pour la première fois le 11 novembre 2021 au Botswana et le 14 novembre 2021 en Afrique du Sud, Omicron est déjà responsable d’infections principalement liées au voyage, détectées en Belgique, à Hong Kong et en Israël.
Au 28 novembre, le Ministère de la Santé annonce 8 cas probables en France.
Sa divergence par rapport aux autres variants connus fait craindre une transmissibilité accrue, une réduction significative de l'efficacité du vaccin et une augmentation du risque de réinfection. En effet, la variante présente un grand nombre de mutations, dont certaines jugées préoccupantes car suggérant un potentiel d'échappement immunitaire plus élevé.
Transmissibilité, virulence, échappement immunitaire, une équation à plusieurs inconnues
La variante est caractérisée par 30 modifications, dont 3 petites délétions et 1 petite insertion dans la protéine de pointe, et 15 modifications dans le domaine de liaison au récepteur. On ignore encore si ces modifications sont de nature à favoriser ou au contraire à contrarier la liaison à la cellule hôte. Cependant, d’ores et déjà l’ECDC lui confère « un avantage de transmissibilité par rapport à Delta » et évalue « le risque d’introductions supplémentaires (voyages) et de propagation communautaire dans l'UE comme élevé ».
Les chercheurs sud-africains ont repéré la nouvelle variante B.1.1.529 en séquençant le génome de virus au Botswana et en identifiant ce très grand nombre de modifications au niveau de la protéine de pointe – qui reconnaît les cellules hôtes et est la cible principale des réponses immunitaires du corps. Les scientifiques indiquent qu’
Omicron est détectable par PCR.
Pour les virologues d’Afrique du Sud la priorité reste de suivre jour après jour la propagation de la variante. Les cas ont augmenté rapidement en novembre, en particulier dans les écoles et chez les jeunes. 77 échantillons de virus analysés entre 12 et 20 novembre ont été analysés positifs au nouveau variant. Enfin, les chercheurs suggèrent « des rapports anecdotiques de réinfections et de cas chez des individus vaccinés », mais confient qu’à ce stade, il est trop tôt pour affirmer quoi que ce soit.
Toutes les questions importantes subsistent, de la sévérité de la maladie et de l’importance de la propagation du virus au-delà de l'Afrique du Sud et de l'efficacité du vaccin : « Il n'est pas encore clair que l'infection par Omicron provoque une maladie plus sévère que les autres variantes, y compris Delta. Des données préliminaires suggèrent qu'il y a une augmentation des taux d'hospitalisation en Afrique du Sud, mais qui pourraient être dus à l'augmentation du nombre global de personnes infectées, plutôt qu'à une infection spécifique par Omicron », précise la mise à jour de l’OMS du 28 novembre.
Le Dr Anthony Fauci, directeur du National Institute of Allergy and Infectious Diseases américain (NIAID/NIH) précise que quelques semaines seront tout de même nécessaires pour y voir plus clair, même s'il prévoit comme très probable la propagation du virus aux États-Unis. Il relève que quoiqu’il en soit, « Omicron est certainement un nouvel appel à la vaccination ».
Sources:
- Nature News 25 Nov, 2021 DOI: 10.1038/d41586-021-03552-w Heavily mutated Omicron variant puts scientists on alert
- OMS 27 Nov, 2021 Technical Brief: Enhancing Readiness for Omicron (B.1.1.529) in the WHO South-East Asia Region
- ECDC 26 Nov, 2021 Threat Assessment Brief: Implications of the emergence and spread of the SARS-CoV-2 B.1.1. 529 variant of concern (Omicron) for the EU/EEA
- OMS 28 Nov, 2021 Update on Omicron
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