Notre histoire commence véritablement au VIe siècle avant J.-C. avec Pythagore de Samos. Pythagore avait découvert que des cordes tendues avec la même tension et dont le rapport des longueurs était des nombres entiers sonnaient dans la même gamme. Ainsi, prenons une corde de référence sonnant en do, une corde deux fois plus courte donnera encore un do, 3 fois plus courte un sol, 4 fois plus courte un do, 5 fois plus courte un mi, etc. On retrouve les notes de l'accord parfait de do majeur.
Cette découverte eut un écho retentissant dans la pensée de Pythagore : il associa l'harmonie de la gamme au caractère intrinsèquement naturel des nombres entiers. Il en tira la conclusion que la Nature était harmonie, dans le sens où elle se conformait à la rigueur intransigeante des nombres. Pythagore et ses disciples appliquèrent leur vision du Monde à l'Univers tout entier, notamment au mouvement des astres. Pour les pythagoriciens, ce mouvement devait nécessairement refléter l'harmonie du Monde et par conséquent être associé à la logique inébranlable des nombres entiers. Ils placèrent la Terre au centre de l'Univers et firent tourner autour d'elle les astres mobiles (les planètes et le Soleil) sur des trajectoires circulaires. Chaque trajectoire était conçue comme une corde vibrante dont la note devait être en harmonie avec celle des autres astres. Les sept astres (Lune, Mercure, Vénus, Soleil, Mars, Jupiter, Saturne) et la sphère des étoiles étaient censés jouer ainsi une gamme complète et en parfaite harmonie : la musique des sphères.
Cette image peut paraître assez étrange mais elle répondait parfaitement à des préoccupations purement philosophiques, très éloignées de toute connaissance empirique et motivées par la conception d'un Monde dont l'expérience avait montré la relation profonde avec les mathématiques. Vingt-six siècles plus tard, la physique quantique empruntera la même image pour représenter le mouvement des électrons sur les orbites autorisées par le modèle de Bohr.
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