Theodor Ebert remet en cause la version officielle de la mort du philosophe René Descartes. La mort mystérieuse de René Descartes, le livre de l'univesitaire allemand révèle que l'auteur du Discours de la méthode et des Méditations métaphysiques ne serait pas mort d'une pneumonie mais aurait été assassiné par un prêtre catholique. Si la thèse de l'assassinat de Descartes agace les universitaires français, ce n'est pas le cas de tout le monde !
Descartes donnait des cours matinaux à la reine Christine de Suède dans une pièce glaciale, ce à quoi il n'aurait pas survécu. Une version que conteste Theodor Ebert. Il s'appuie en effet sur une lettre qu'aurait rédigée le docteur Van Wullen au valet de Descartes. « Van Wullen raconte qu’en examinant l’urine de Descartes, il a vu que le philosophe était atteint de quelque chose de très grave et en a conclu à une mort imminente. Cela veut sans doute dire qu’il y avait du sang dans l’urine. Or, ce n’est pas là un symptôme de pneumonie. »
Eike Pies revenait également sur la mystérieuse lettre en question dans L'affaire Descartes paru en 1996. Theodor Ebert apporte d'autres éléments à la thèse de l'empoisonnement : « Van Wullen rapporte que Descartes s’est fait préparer un émétique et qu’il l’a bu afin de provoquer un vomissement. » Avait-il compris qu'on l'avait empoisonné ?
Theodor Ebert défend la thèse d'un empoisonnement de Descartes par l'aumônier à l’ambassade de France à Stockholm, François Viogué. Il pense que l' aumônier aurait provoqué la mort de Descartes au moyen d'une hostie imbibée d'arsenic. Selon lui, « Il est très probable que Viogué ait vu en Descartes un obstacle à la conversion de la reine à la foi catholique. »
En 1654, la reine Christine (issue d'une famille luthérienne) se convertit à la religion catholique. L'érudit Manfred Baum, interrogé par le Spiegel, juge la thèse de Theodor Ebert « hautement vraisemblable ». L'entretien que Theodor Ebert a accordé à Books est à lire ici.