Ce qui ouvre Balthasar, suite de Justine, est une énorme surprise. Darley, le narrateur, avait essayé d'analyser sur des centaines de pages l'amour qu'il éprouvait pour Justine et de comprendre celui qu'elle éprouvait pour lui. Or il apprend que Justine ne l'a jamais aimé. Qu’il était un simple leurre pour détourner sur lui la jalousie du mari. Que son grand amour était Pursewarden, écrivain anglais que lui, Darley, son rival littéraire, méprise.
Celui qui lui révèle cela, c’est Balthasar, médecin et centre d'un groupe de gnostiques, la Cabale. Darley lui a confié son manuscrit, le texte de Justine, et Balthasar le lui réexpédie, commenté. Tout cela fait l'objet du livre, composé, comme le premier, de sources diverses. Le commentaire de Balthasar, donc, les commentaires de Darley sur ce commentaire, une lettre de Cléa, qui contient elle-même une lettre de Pursewarden...
Il y a dans ce texte un portrait de Justine peint par Cléa, qui n'est pas terminé, qui ne sera jamais terminé, soumis sans cesse aux modifications, aux améliorations. C'est l'image spéculaire des événements dont Darley parle. Plus particulièrement de ce qu'il connaît de Justine, dont l'identité fluctue.
On découvre notamment dans Balthasar qu'elle n'a jamais aimé son mari. Que celui-ci menait des intrigues politiques, inconnues de Darley, pour redonner aux Coptes la première place en Egypte. (Les Coptes chrétiens en étaient les premiers habitants, avant que les Arabes n'envahissent le pays.)
Le frère de Nessim prend aussi de la place dans ce livre. Affligé d'un bec de lièvre monstrueux, il ne quitte pratiquement pas ses terres, sinon pour le carnaval (dans lequel il tuera quelqu'un), et pour découvrir que la fille que Justine recherche inlassablement est morte par accident, tombée dans le fleuve, noyée.
Un autre personnage, enfin, s'impose. Pursewarden, dont la trilogie inachevée est le double du Quatuor d'Alexandrie, comme on le voit quand il en explique le plan et le projet.
Une chose qu’on vérifiera dans les deux derniers livres, Montolive et Cléa.