Etymologiquement le mot ninja provient du japonais nin-sha. Nin suggère l'idée de dissimulation et sha signifie personne. Ils n'avaient pas tout de suite la signification moderne d'assassins en service commandé. Il sont d'abord des guerriers de l'ombre appartenant à des sociétés secrètes n'obéissant pas au code d'honneur des samouraïs (les deux éprouvaient au Moyen-Age une forte haine les uns envers les autres même si certains de ces mercenaires ont fini par être intégrés dans la garde personnelle des seigneurs). Retranchés dans la montagne, les ninjas étaient organisés en clans dont les soldats de terrain ignoraient qui était le chef. Chaque clan possédant des techniques secrètes transmises de génération en génération, on ne pouvait quitter le clan sous peine de mort. Encerclé, un ninja devait se donner la mort aussitôt pour ne pas être soumis à la torture. En général les ninjas intervenaient la nuit et allumaient des incendies à l'intérieur des châteaux pendant les sièges. Dans l'autre sens, ils harcelaient les assaillants en allant par exemple voler des bannières qu'ils accrochaient au matin sur les murailles. Leur réputation d'invisibilité provient du fait qu'ils parvenaient à rester immobiles très longtemps en contrôlant leur rythme cardiaque, étaient experts en camouflage et savaient se déplacer sans bruit, mais leur vêtement noir n'est qu'une invention ultérieure. Le shogun Iyeasu Tokugawa les utilisa souvent comme agents de renseignements avant de les reconvertir dans la police de la nouvelle capitale, Edo, une fois la paix établie.