L'article 47 de la loi de finances rectificative pour 2005 (loi n° 2005-1720 du 30 décembre 2005) a mis en conformité le régime optionnel de taxation au tonnage, prévu à l'article 209-0 B du code général des impôts, avec les nouvelles orientations communautaires sur les aides d'Etat en faveur du transport maritime publiées le 17 janvier 2004 au journal officiel de l'Union européenne.
Le bénéfice de ce régime est désormais subordonné à la condition que les entreprises de transport maritime ayant opté s'engagent à maintenir ou à augmenter le niveau de leur flotte sous pavillon d'un Etat membre de la Communauté européenne durant la période d'application du dispositif.
De plus, l'article 80 de la loi de finances rectificative pour 2006 (loi n° 2006-1771 du 30 décembre 2006) ouvre une nouvelle période d'option pour les entreprises qui étaient éligibles avant le 1er janvier 2007 et qui n'ont pas opté pour le régime de taxation au tonnage. Ces dernières peuvent exercer cette option au plus tard au titre d'un exercice clos ou d'une période d'imposition arrêtée entre le 1er janvier 2007 et le 1er janvier 2008.
L'instruction officielle est publiée au BOI 4 H-3-08.<>