L’histoire infectieuse d’un patient peut avoir des effets profonds sur sa santé et contribuer à expliquer une maladie, une allergie ou une vulnérabilité. Disposer d’une complète pour reconstituer cette histoire et pouvoir caractériser les effets des infections, ou du » virome » sur l’immunité d’un patient, pourrait être très bientôt possible avec ce développement de chercheurs. Voici VirScan, développé par des chercheurs américains, un outil d’analyse ultra-puissant qui travaille à partir d’une goutte de sang.
Chaque infection virale contractée va modifier immunité de l’hôte dans une certaine mesure et laisser une empreinte indélébile sur le système immunitaire. Cette interaction entre virome et immunité de l’hôte est impliquée dans la pathogenèse de maladies complexes comme que le diabète de type 1, la maladie intestinale inflammatoire (MICI) et l’asthme. Or aujourd’hui, les méthodes d’analyse sérologiques pour détecter les infections virales sont principalement limitées à la détection d’un agent pathogène à la fois et sont donc principalement utilisées pour valider des hypothèses cliniques.
Toute l’histoire des rencontres pathogènes : La nouvelle méthode d’analyse VirScan permet de détecter simultanément des réponses à tous les virus humains et donc de détecter l’ensemble des associations entre les infections virales contractées et les maladies diagnostiquées. Car la réponse humorale aux infections survient généralement dans les 10 à 14 jours de l’exposition et va, en général, perdurer durant des années, voire des décennies.
Ici, les chercheurs de Harvard, du Massachusetts Institute of Technology (MIT) de la Division of Health Sciences and Technology de Cambridge, du Howard Hughes Medical Institute et du Brigham and Women’s Hospital (Boston), testent VirScan, une méthode d’analyse complète des anticorps antiviraux dans les sérums humains, grâce à un système de séquençage de l’ADN à haut débit, capable de fournir une représentation complète d’un virome humain. Un processus d’immuno-précipitation et le séquençage de l’ADN à haut débit permet d’isoler des antigènes précis reconnus par les anticorps dans l’échantillon analysé.
L’analyse requiert moins de 1 µL de sang : Avec moins d’une goutte de sang, testée sur 569 personnes, la nouvelle technologie permet d’identifier tous les virus auxquels ces participants ont été exposés à au cours de leur vie. L’étude identifie ainsi plus de 106 millions d’interactions peptide-anticorps et montre, qu’en moyenne, ces participants ont été exposés chacun à environ 10 espèces virales au cours de leur vie.
VirScan s’avère ainsi un outil puissant et peu coûteux pour étudier les interactions entre le virome -ou la » collection » de virus connus ayant infecté l’homme- et son système immunitaire qui peut être modifié de façon permanente par l’exposition virale. Pour aboutir à cette capacité d’analyse, les chercheurs ont utilisé un grand ensemble de données portant sur plus 206 espèces virales et représentant plus de 1.000 souches virales différentes.
Enfin, VirScan peut également être adapté à l’étude d’autres membres du microbiome humain, comme les bactéries ou les champignons.
Source: Science 5 June 2015 DOI: 10.1126/science.aaa0698 Comprehensive serological profiling of human populations using a synthetic human virome
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