S'agit-il d'un autre reboot, comme avait pu l'être par rapport à (la première refusant le terme de remake, préférant affirmer qu'elle s'appuyait sur le roman initial plutôt que sur le premier métrage de la trilogie ) ? Oui et non, c'est assez compliqué. Il est clair que ni l'équipe artistique, ni la mise en scène ne reprennent des éléments formels des premiers films. En revanche, le scénario comporte bon nombre de rappels, tant à la première enquête ayant rapproché Lisbeth et Mikael Blomqvist, qu'à l'organisation criminelle dirigée par le père de Lisbeth. C'est un peu comme si cela se passait quelques temps plus tard (trois ans, en fait), histoire de voiler un peu la perception qu'on avait des faits survenus autour de magazine d'investigation Millénium.
Voilà que Lisbeth est approchée par un programmeur désireux de récupérer un logiciel développé pour la NSA, susceptible d'entrer dans les systèmes d'armement des plus grandes puissances. Conscient d'avoir engendré un véritable antéchrist numérique, l'homme fait appel à elle pour en reprendre le contrôle, dans le but de l'effacer définitivement - ce qui n'est pas du goût de la NSA dont un agent spécial, Ed Needham, se charge de retrouver le coupable de ce piratage qu'il croyait impossible. Son arrivée à Stockholm n'est pas du goût du chef de la police, Gabriella Grane, qui le met sous surveillance. Malheureusement pour Lisbeth, l'opération vire au fiasco quand un groupe d'individus lourdement armé pénètre par effraction dans sa planque et dérobe l'ordinateur contenant le logiciel. Elle n'a que le temps de se mettre à l'abri et d'envisager la suite : ayant découvert que le programme était savamment crypté, elle sait à présent que ces terroristes suréquipés vont s'en prendre au programmeur qui attend avec son fils à l'hôtel. Le temps presse, elle est seule et ces hommes mystérieux ont un coup d'avance : il lui faut trouver des alliés de circonstance...