Ce musée a été fondé en 1901 par Adele Rautenstrauch en l'honneur de son mari Eugen décédé en 1900, et de son frère, géographe et ethnologue, Wilhelm Joest, dont elle avait hérité la collection (3400 objets) après sa mort en 1897. Le musée fut inauguré en 1906, et petit à petit les collections furent complétées par des sources externes, dont des achats à Gerrard & Sons.
Son premier directeur, Wilhelm Foy, a commandé à cette maison, via le catalogue de Davis, un certain nombre d'objets, mais par manque de moyens, les achats ont dû être effectués à trois reprises. Quatre objets ont été achetés pour la première fois en 1903 avec l'argent de Georg Küppers-Loosen, cofondateur de l'Association des amis du musée et membre de la Société coloniale de Cologne. Lui-même était un grand voyageur et il a fait don de nombreux objets qui sont à la base du fonds du musée (notamment plus de 20% des objets océaniens) et près de 10000 photographies. Les deuxième et troisième achats eurent lieu en 1904, et ce sont 104 objets qui furent achetés avec l'argent de Wilhelm Rautenstrauch, le cousin d'Eugen. Enfin, les 248 autres objets furent acquis avec l'argent du musée par commande directe de Wilhelm Foy.
Photo : Bouclier des Trobriand, © Rautenstrauch-Joest Museum, photo de l'auteure.